Kościół parafialny w Międzyrzeczu został erygowany pod patronatem króla w I połowie XIII w. wraz z nadaniem praw miejskich. Pierwsze wzmianki dotyczące parafii i kościoła pochodzą z 1232 r., kiedy to wymieniony był pleban „Iohanne plebano de Mezerets”. W 1259 r. zostaje zapisany układ zawarty z wójtem i mieszkańcami o kościół miejski. Kolejne informacje źródłowe pochodzą z 1417 r. i dotyczą altarystów przy kościele. W 1474 r. na Międzyrzecz napada oddział króla Macieja Korwina. Napastnicy splądrowali i spalili całe miasto, w wyniku pożaru spłonął również kościół. Zachowany do dziś kościół św. Jana został wzniesiony w latach 1474-1479.
Księża proboszczowie i wikarzy w historii parafii od XIII wieku
Kapłan szczęśliwy a takim był ksiądz infułat Henryk to człowiek, który przeżywa swoje istnienie na sposób kapłański. I w żaden inny sposób. Od półrocznego pobytu w areszcie śledczym w 1946 roku. Jako członek Armii Krajowej przez trzyletnie studia w Akademii handlowej w Szczecinie. Przez 5 lat studiów filozoficznych i teologicznych w Gorzowie Wlkp. [...] Poprzez 52 lata kapłaństwa ksiądz Henryk modlił się, myślał i pracował na wzór Chrystusa.
[Fragment kazania ks. bpa P. Sochy podczas Mszy pogrzebowej]
W czerwcu 2009 r., podczas prac remontowych w górnych partiach ścian i na sklepieniu prezbiterium kościoła parafialnego pw. św. Jana Chrzciciela w Międzyrzeczu, dokonano niezwykłego odkrycia. Spod kilku warstw pobiał i farby nieoczekiwanie wydobyto na światło dzienne renesansowe malowidła ścienne o tematyce ornamentalno-figuralnej, o których istnieniu nie zachował się do naszych czasów żaden przekaz.